José werd op 12 april 1940 in Brussel geboren. Hijzelf en zijn gezinsleden ontkomen aan de deportatie van de Joden; samen met zijn zusje kon hij onderduiken in de provincie Namen. In 1944 wordt hij herenigd met zijn ouders en gaat hij naar school in Brussel. Tijdens zijn studie geschiedenis aan de Université Libre de Bruxelles (ULB) sluit hij zich aan bij de communistische studentenbeweging en wordt hij ook lid van de partij. Zijn licentiaatsverhandeling heeft als onderwerp de gecensureerde pers tijdens de Eerste Wereldoorlog.
In 1969 maakt hij deel uit van het initiële team van het Navorsingsen Studiecentrum voor de Geschiedenis van de Tweede Wereldoorlog (NSGWO, de voorloper van het CegeSoma). Hij neemt veel interviews af – het centrum is een pionier inzake mondelinge geschiedenis. Hij draagt ook bij aan het verzamelen en inventariseren van heel wat archieffondsen.
Maar het is ongetwijfeld het werk L’an 40. La Belgique occupée, dat hij in 1971 samen met Jules Gérard-Libois bij het Centre de recherche et d’information socio-politiques (CRISP) uitbracht, dat hem bekendmaakte bij het grote publiek en dat zijn reputatie vestigde in kringen van historici. Hij werkt als wetenschappelijk adviseur mee aan de documentairereeks van de RTBF 1914-1918. Le Journal de la Grande Guerre en aan de bekende RTBF-serie Jours de Guerre. In 1972 ligt hij mee aan de basis van de Belgische Vereniging voor Nieuwste Geschiedenis.
In 1988 verdedigt hij zijn doctoraal proefschrift over het communistisch verzet en het Onafhankelijkheidsfront, onder leiding van Jean Stengers. Zijn thesis werd in 1992 gepubliceerd onder de titel Du rouge au tricolore : Les communistes belges de 1939 à 1944. Un aspect de l’histoire de la Résistance en Belgique. In 1989 komt hij aan het hoofd van het NSGWO. Hij legt talrijke contacten binnen de academische wereld en knoopt tevens banden aan met zijn Franse collega’s van het Institut d’histoire du temps présent (IHTP). Onder zijn leiding kwam het centrum tot volle bloei. In 1997 werd het tijdskader uitgebreid, werden de structuren aangepast en veranderde de naam naar het Studieen Documentatiecentrum Oorlog en Hedendaagse Maatschappij (SOMA).
De uitstraling van José Gotovitch reikte tot ver buiten het SOMA. Generaties studenten herinneren zich zijn colleges. Hij was ook bestuurder bij het CRISP, wetenschappelijk directeur van het Centre des Archives du Communisme en Belgique (CArCoB), en oprichter van het Centre d’Histoire et de Sociologie des Gauches (CHSG) binnen het Institut de Sociologie van de ULB.
Hij laat ook een immense bibliografie na, van zijn eerste artikel in 1967 over ‘La Légation d’Allemagne et le mouvement flamand’ tot zijn laatste werk, gepubliceerd in 2023, over de Communistische Jeugd en Studenten in België. Tussen die twee verschenen talrijke publicaties, die de Belgische geschiedschrijving over de Tweede Wereldoorlog, de koningskwestie en de geschiedenis van de Spaanse burgeroorlog verrijkt hebben, evenals tal van biografieën van arbeidersactivisten.
Hij is tevens de auteur van heel wat publicaties voor een breder publiek, want hij vond het erg belangrijk dat de resultaten van zijn onderzoek doorgegeven werden, zoals blijkt uit zijn talloze optredens in de media en uit de Dictionnaire de la Seconde Guerre mondiale en Belgique die hij in 2008 samen met Paul Aron schreef.